Apesar de boa parte dos Estados estarem permitindo o retorno gradual dos cultos presenciais nos templos, existem decretos municipais que têm impedido pastores de fazer transmissões ao vivo de cultos online, e a Associação Nacional de Juristas Evangélicos (ANAJURE) fez um pedido ao Supremo Tribunal Federal (STF) para anular esses decretos. A ANAJURE monitorou uma série de violações à liberdade religiosa, apresentando determinações desproporcionais. Segundo a entidade, os fiéis têm ido aos templos para buscar assistência social e apoio espiritual durante a pandemia do novo coronavírus. Mesmo assim, há relatos de fiscais que têm proibido até mesmo reuniões de grupos de orações, dentro de residências.

Casos assim são mencionados em cidades como João Monlevade (MG), Macapá (AP), Serrinha (BA), Rio Brilhante (MS), Armação dos Búzios (RJ), Bebedouro e Cajamar (SP), que suspenderam qualquer tipo de atividade religiosa nas igrejas, mesmo sem aglomerações.